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kudpc [2014/09/29 17:02]
tsuji
kudpc [2018/08/21 10:21] (現在)
saito [paraview]
ライン 1: ライン 1:
-====== ​bashrc ​======+====== ​Remote側 ​====== 
 +以下,リモート側(スパコン)の設定の話 
 + 
 +===== numdiff ===== 
 +数字を値として判断してくれる便利なdiff. 
 +絶対差や相対差が指定でき,その差の中に収まっていれば同一とみなしてくれる. 
 + 
 +スパコンに numdiff は入っていないので取ってくる必要がある. 
 + 
 +[[http://​www.nongnu.org/​numdiff/​]] 
 +<code bash> 
 +tar xzvf numdiff-5.8.1.tar.gz  
 +cd numdiff-5.8.1 
 +./configure --prefix=$HOME 
 +</​code>​ 
 + 
 +デフォルトだとコンパイラがiccになっているが,iccのままmakeするとときどきabortするnumdiffが出来上がったので, 
 +特別な理由がなければgccに変えた方が良いかも. 
 +Makefile のファイルを以下のように修正. 
 +<​code>​ 
 +CC=gcc 
 +</​code>​ 
 +その後は,makeしてインストールする. 
 +<code bash> 
 +make 
 +make install 
 +</​code>​ 
 +すると,$HOME/​bin/​numdiff の出来上がり. 
 + 
 +===== bashrc ​=====
 履歴を共有する. 履歴を共有する.
 <code bash> <code bash>
ライン 11: ライン 40:
 export PROMPT_COMMAND="​history -a; history -c; history -r; $PROMPT_COMMAND"​ export PROMPT_COMMAND="​history -a; history -c; history -r; $PROMPT_COMMAND"​
 </​code>​ </​code>​
-====== Exceed onDemandを使う ====== + 
- error while loading shared libraries: libgtk-x11-2.0.so.0 ​などとエラが出たら下記実行する.+====== ​Local側 ====== 
 +===== paraview(その1) ===== 
 + 
 +以下,ローカル(手元のパソコン)の設定 
 + 
 +debinaでnvidiaのドライバを入れていたらglx関係で動かないアプリケーションがある. 
 +こんなエラーが出る.<​code>​ 
 +X Error: GLXBadContext 140 
 +  Extension: ​   155 (Uknown extension) 
 +  Minor opcode: 5 (Unknown request) 
 +  Resource id:  0x300068e 
 +X Error: 0 0 
 +  Extension: ​   143 (Uknown extension) 
 +  Minor opcode: 26 (Unknown request) 
 +  Resource id:  0x0 
 +</​code>​ 
 + 
 +対策方法としてはiglxを利用するのだが,以下のように設定すると一応うまくいった. 
 + 
 +まず,gdm3ではうまくいかなかったので,lightdmに切り替える. 
 +<code bash> 
 +sudo apt-get install lightdm 
 +</​code>​ 
 +インストール時にgdm3とlightdmどっちと効かれるので,lightdmを選択する. 
 + 
 +/​usr/​share/​lightdm/​lightdm.conf.d/​50-xserver-command.conf を作成し,以下を記述 
 +<​code>​ 
 +[SeatDefaults] 
 +# Dump core 
 +xserver-command=X -core +iglx 
 +</​code>​ 
 + 
 +これでリブートしてログインしなおせば,OK. 
 +lightdmで window manager を選択するときは画面右上のプルダウンから選択する. 
 + 
 + 
 +===== paraview(その2) ===== 
 +Exceed_onDemand_Clientでparaviewを使おうとすると,うまく行かないが, 
 +普通にsshでXをフォワードするとうまく行った. 
 +<code bash> 
 +ssh s50206@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp -X 
 +</​code>​  
 +してから, 
 +<code bash> 
 +module load paraview 
 +paraview & 
 +</​code>​ 
 +でOK. 
 + 
 +===== WindowsのExceed onDemandで英語キーボードを使う ===== 
 +デフォルトでは,手元のキーボードが英語キーボードでも入力が日本語キーボードになる. 
 +英語キーボードにするには,Exceed onDemandでログインし,Xconfigの設定をするところで, 
 +メニューバーから 編集 ​=> Xconfig Manger を選択 
 +Passive.cfgをコピーし,適当な名前を付けて編集する. 
 +編集するのはキーボードファイルでus.kbfに変更すれば英語キーボードで入力可能になる. 
 + 
 +===== Exceed onDemandを使う ===== 
 +こんなエラーが出たら, 
 +<​code>​ 
 +Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc: ​error while loading shared libraries: libgtk-x11-2.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 
 +  
 +Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc:​ error while loading shared libraries: libpangoxft-1.0.so.0:​ cannot open shared object file: No such file or directory 
 + 
 +Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc:​ error while loading shared libraries: libpangox-1.0.so.0:​ cannot open shared object file: No such file or directory 
 +</​code>​ 
 +32bit版のパッケ入れてあげる.
 <code bash> <code bash>
 sudo dpkg --add-architecture i386 sudo dpkg --add-architecture i386
 sudo apt-get update ​ sudo apt-get update ​
 sudo apt-get install libgtk2.0-0:​i386 sudo apt-get install libgtk2.0-0:​i386
 +sudo apt-get install libpangoxft-1.0-0:​i386
 +sudo apt-get install libpangox-1.0-0:​i386
 </​code>​ </​code>​
  
ライン 26: ライン 122:
 ===== aliasの使い方 ====== ===== aliasの使い方 ======
 aliasを用いて,任意のコマンドでExceed onDemandを開く方法 aliasを用いて,任意のコマンドでExceed onDemandを開く方法
-<code bash> +~/.bashrc ​以下を追記する.
-emacs .bashrc ​&  +
-</​code>​ +
-#​bashを開き,以下の文章を追+
 <code bash> <code bash>
 alias eodxc='​~/​Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc'​ </​code>​ alias eodxc='​~/​Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc'​ </​code>​
-#​~は入ってる場所を指定 
  
-Terminal"​eodxc"​と打つと"​~/​Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc"​を実行してくれるので,どこからでも起動可能で幸せ+Terminalを開き直し,)"​eodxc"​と打つと"​~/​Exceed_onDemand_Client_8/​eodxc"​を実行してくれるので,どこからでも起動可能で幸せ 
 + 
 +===== Filezillaを使う ===== 
 +まずFilezillaをインストールする. 
 +<code bash> 
 +sudo apt-get install filezilla 
 +</​code>​
  
-====== Fillezillaを使う ====== 
 ローカルでfilezillaを立ち上げ、編集=>​設定=>​SFTPで鍵ファイルを追加する。 ローカルでfilezillaを立ち上げ、編集=>​設定=>​SFTPで鍵ファイルを追加する。
 +
 +Filezillaで隠しフォルダを表示させたい時は、右クリックでチェックを入れる.
  
 一度スパコンにログインしたことがあれば、.sshの下にid_rsaがあるはずなので、これを追加。 一度スパコンにログインしたことがあれば、.sshの下にid_rsaがあるはずなので、これを追加。
ライン 47: ライン 146:
 公開鍵認証の追加を忘れない。 公開鍵認証の追加を忘れない。
  
-Filezillaで隠しフォルダを表示させたい時は、右クリックでOK。 +Filezillaを開き,[ファイル]→[サイトマネージャー]で新規サイトの名前をlaurelに変更する.そのサイトのホストに下記のものを打ち込む.
- +
-Filezillaを開き,[ファイル]→[サイトマネージャー]で新規サイトの名前をlaurelに変更する.そのサイトのホストに+
 <code bash> <code bash>
 laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
ライン 55: ライン 152:
 プロトコルはSFTP.ログオンの種類は通常.ユーザーは,​b◯◯◯◯◯的なもの.パスワードは利用申請書に書いてあるもの. プロトコルはSFTP.ログオンの種類は通常.ユーザーは,​b◯◯◯◯◯的なもの.パスワードは利用申請書に書いてあるもの.
  
-====== Xを使う ​======+===== Xを使う =====
 mapleのXを使うときは、普通のssh -X では繋がらないらしい. mapleのXを使うときは、普通のssh -X では繋がらないらしい.
 emacs は 普通のsshで大丈夫。 emacs は 普通のsshで大丈夫。
kudpc.1411977721.txt.gz · 最終更新: 2017/10/03 12:55 (外部編集)