差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

--- ifort [2010/06/22 21:08]
saito
+++ ifort [2012/04/13 10:09]
saito 削除
@@ ライン 1: / ライン 1: @@
-====== ifort for linux ======
+[[fortran:ifort]]へ移動しました．
-  * linux版は非商用に限り無償（**アカデミックの用途に使う場合はアカデミックライセンスが必要**）
-  * ライセンスの発行のために登録が必要。
-  * MKLも一緒に入ってくる。
-===== インストール方法 =====
-==== ubuntu 9.10 on Xeon にintel fortran compilerをインストールしたときのメモ ====
-インストールに必要なopenjdk-6-jre，ia32-libsをインストール．
-<code bash>
-sudo apt-get install openjdk-6-jre ia32-libs
-</code>
-openjdk-6-jreにしたのは気分．sunのjavaでも可．
-http://bootstrapping.wordpress.com/2009/11/25/missing-libstdc-so-5-in-ubuntu-9-10-karmic/
-に書いてあるとおりにlibstdc++5をインストール．
-<code bash>
-wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/i/ia32-libs/ia32-libs_2.7ubuntu6.1_amd64.deb
-dpkg-deb -x ia32-libs_2.7ubuntu6.1_amd64.deb ia32-libs
-sudo cp ia32-libs/usr/lib32/libstdc++.so.5.0.7 /usr/lib32/
-cd /usr/lib32
-sudo ln -s libstdc++.so.5.0.7 libstdc++.so.5
-</code>
-これがないとifortのインストール途中で下記のような文句を言われる．
-<code>
--bit libraries not found on this system.
-This product release requires the presence of 32-bit compatibility libraries
-when running on Intel(R) 64 architecture systems. One or more of these libraries
-could not be found:
-    libstdc++
-    libstdc++5
-    glibc
-    libgcc
-Without these libraries, the compiler will not function properly.  Please refer
-to Release Notes for more information.
-</code>
-http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/
- よりソースをダウンロード．Xeonの場合はintel64を選択。
-<code bash>
-tar xzvf l_cprof_p_11.1.064_intel64.tgz
-cd l_cprof_p_11.1.064_intel64
-sudo ./install.sh
-</code>
-選択はデフォルトでOK．
-入ったと思いきや、
-<code>
-/opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/intel64/fortcom: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
-ifort: error #10273: /opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/intel64/fortcom の致命的なエラー、0x7f で終了しました。
-</code>
-というエラーが発生。すべての9.10で起きたわけではないので、ハードウェア依存??FIXME
-仕方がないので、他の方法でlibstdc++5を再インストール
-http://hsmak.wordpress.com/2009/12/01/how-to-fix-libstdc5-dependency-problem-in-ubuntu-9-10/
-を参考に
-<code bash>
-sudo rm /usr/lib32/libstdc++.so.5*
-wget http://ftp.riken.go.jp/pub/Linux/ubuntu/pool/universe/g/gcc-3.3/libstdc++5_3.3.6-17ubuntu1_amd64.deb
-sudo dpkg -i libstdc++5_3.3.6-17ubuntu1_amd64.deb
-</code>
-==== ubuntu 9.04にintel fortranコンパイラをインストール ====
- === 1.インテルのページからifortのパッケージをダウンロード ===
-    * [[wpjp>IA32]],[[wpjp>INTEL64]],[[wpjp>IA64]]の中からシステムに応じたものを選択する。core2はintel64, core soloはia32などFIXME。
-    * [[http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/]]
- === 2.install.sh の実行 ==
-ここでは、ver11.0.074 intel64版をインストール。
-<code>
-$ tar xzvf l_cprof_p_11.0.074_intel64.tgz
-$ cd l_cprof_p_11.0.074_intel64
-$ sudo ./install.sh
-</code>
-言われるがままに進む。途中パスワードの認証（activation）が必要。
-インストール直前にbinutilsあたりでヴァージョンの違いについて文句を言われる。
-おそらくifortが要求するヴァージョンよりもubuntuにインストールされているパッケージのヴァージョンの方が新しいので問題ないFIXME。
-パッケージが不足している場合インストール中にメッセージが出る。
-メッセージを読んで必要なものを入れる((sun-java6-jreはjavaを要求されるからインストールしてみた。
-正しいかどうか不明FIXME。binutilsは最初から入ってるかも。))。
-<code>
-$ sudo apt-get install libstdc++5 g++ binutils sun-java6-jre
-</code>
-bitの場合、32bitがどうのこうのというエラーが出るかもしれないので、ia32-libsもインストール。
-<code>
-$ sudo apt-get install ia32-libs
-</code>
-=== 3.環境変数の設定を行う。 ===
-===== 環境変数の設定 =====
-まず、ifortのパスを通したり、ライブラリのパスを通すため、環境変数の設定を行う。
-=== bashの場合 ===
-使用前に端末で以下を入力(([ia32|intel64|ia64]は[[google.jp>正規表現]]))。
-<code>
-$ . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh [ia32|intel64|ia64]
-</code>
-あるいは、~/.bashrcの最後の行に以下を追記。
-<code>
-$ . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh [ia32|intel64|ia64]
-</code>
-=== csh系の場合 ===
-<code>
-$ . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.csh [ia32|intel64|ia64]
-</code>
-とするか、~/.cshrcを編集FIXME
-=== zshの場合 ===
-<code>
-$ . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh [ia32|intel64|ia64]
-</code>
-とすると、
-<code>
-/opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh:82: = not found
-</code>
-なんてエラーが出る。
-おそらくbashとzshの文法の違い。
-エラーが出たシェルの == を = に書き直せば、うまく動作する。
-例えば、intel64の場合、/opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.shと/opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/ifortvars_intel64.shの2つを書き換えればよい。複数のユーザーで使用している場合は、*.shを*.zshにコピーするなどの変更を加えるなどして、zsh専用のファイルを作るのがお行儀が良いかも。
-以下の2ファイルを作成すればよい。
-  * /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.zsh
-  * /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/intel64/ifortvars_intel64.zsh
-こんな感じかしら(32bit版の場合)FIXME
-<code>
-$ sudo sh -c "sed 's/==/=/g' /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh > /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.zsh"\\
-$ sudo sh -c "sed 's/==/=/g' /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ia32/ifortvars_ia32.sh > /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ia32/ifortvars_ia32.zsh"\\
-$ sudo sh -c "sed -i -e 's/.sh/.zsh/g' /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.zsh"
-</code>
-sudo sh -c " "はsudoでリダイレクトするときの常套手段。
-===== コンパイラオプション =====
-[[http://accc.riken.jp/HPC/training/text.html ]]
-[[http://www.k.mei.titech.ac.jp/~stamura/NumericalComputation-Tips.html]]
-これくらいオプションをつけて実行すれば，だいたいエラーは検出されそう．
-<code bash>
-ifort -check all -warn declarations -CB -fpe0 -traceback
-</code>
-[[fortran#コンパイラオプション]]も参照のこと
-===== 改行の抑制 =====
-ifortでは出力時に勝手に改行する仕様になっている。
-改行を抑制するためには、Format文を使用すればよい。
-適当なやり方。
-<code fortran>
-    write(*,'(100f)') a(:)
-</code>
-きちんとしたやり方。以下2chより引用。
-[[http://pc12.2ch.net/test/read.cgi/tech/1163319215/532]]
-<code>
-名前：デフォルトの名無しさん [sage]： 2009/03/27(金) 05:59:41
-亀だけど、Ifortなら<>がお勧め。
-多次元配列の最初の数を入れることが多いです
-例
-program main
-implicit none
-integer,parameter :: num = 9
-integer :: ii,jj
-real :: arry(num,num)
-do ii=1,num
-do jj = 1,num
-arry(ii,jj) = ii*jj
-enddo
-enddo
-write(6,'(<num>F)') arry
-end program
-</code>
-====== MKL ======
-詳しくは、
-[[http://www.ncsa.uiuc.edu/UserInfo/Resources/Hardware/SGIAltix/Doc/mkl10/doc/userguide.pdf|Intel(R) Math Kernel Library for the Linux* OS User's Guide]]を参照。
-===== 概要 =====
-^パッケージ名^^
-|[[ifort#lapack]] |密行列やバンド行列を直説法で解く |
-|[[ifort#lapack95]] |密行列やバンド行列を直説法で解く |
-|[[ifort#blas95]]   |マトベク演算や内積演算を行う     |
-|[[ifort#sparse_blas95]]   |疎行列のマトベク演算行う     |
-|[[ifort#pardiso]]  |疎行列を直説法で解く。（条件数の大きい問題向き）   |
-|[[ifort#fgmres]]   |疎行列をFlexibleGMRESで解く。    |
-MKLのコンパイラオプションは以下のとおり。
-<file>
--L<MKL path> -I<MKL path>
-[-lmkl_lapack95] [-lmkl_blas95]
-[cluster components]
-[{-lmkl_{intel, intel_ilp64, intel_lp64, intel_sp2dp, gf, gf_ilp64, gf_lp64}]
-[-lmkl_{intel_thread, sequential}]
-[{-lmkl_solver, -lmkl_solver_lp64, -lmkl_solver_ilp64}]
-{{[-lmkl_lapack] -lmkl_{ia32, em64t, ipf}},-lmkl_core}}
-[{-lguide, -liomp5}] [-lpthread] [-lm]
-</file>
-[ ]はあってもなくても良い、{ }はどちらか選択という意味。
--L<MKL path> -I<MKL path>は pathが通っていれば明示する必要なし。
-[[http://www.ncsa.uiuc.edu/UserInfo/Resources/Hardware/SGIAltix/Doc/mkl10/doc/userguide.pdf|Intel(R) Math Kernel Library for the Linux* OS User's Guide]]に以下のような記述あり。
-<file>
-You are strongly encouraged to dynamically link in Intel® Legacy OpenMP* run-time
-library libguide and Intel® Compatibility OpenMP* run-time library libiomp. Linking to
-static OpenMP run-time library is not recommended, as it is very easy with layered
-software to link in more than one copy of the library. This causes performance problems
-(too many threads) and may cause correctness problems if more than one copy is
-initialized.
-You are advised to link with libguide and libiomp dynamically even if other libraries are
-linked statically.
-</file>
-<file>
-The second relevant component is the Compiler Support RTL Layer. Prior to Intel MKL 10.0,
-this layer only included the Intel® Legacy OpenMP* run-time compiler library libguide.
-Now you have a new choice to use the Intel® Compatibility OpenMP* run-time compiler
-library libiomp. The Compatibility library provides support for one additional threading
-compiler on Linux (gnu). That is, a program threaded with a gnu compiler can safely be
-linked with Intel MKL and libiomp and execute efficiently and effectively.
-</file>
-libguideとlibiompはどちらかを選べば良いのだが、並列化をするのであれば、libiompを選択した方がよいかも。FIXME
-===== lapack =====
-  * ifortと一緒にインストールされる．
-  * 環境変数の設定をしておけばパスを通す必要はない．
-<code>
-$ ifort file.f90  -lmkl -lmkl_lapack  -lmkl_em64t -lguide -lmkl_solver
-</code>
-===== lapack95 =====
-  * [[http://www.netlib.org/lapack95/|lapack95]]
-  * [[http://www.netlib.org/lapack95/lug95/|lapack95のhtmlドキュメント]]
-  * 線形方程式を解くパッケージ。
-  * 固有値の計算や特異値分解も可能。
-  * mklのlapack95はlapack90のラッパーらしい。
-  * 自分でmakeする必要あり。
-==== ライブラリの作成 ====
-  * libem64t, intel64の部分は環境に応じて適当に。オプションも適当に。デフォルトで十分そうなので、オプションはなくても良さそう。
-<code>
-$ cd /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/
-$ sudo gnome-terminal
-</code>
-新しく開いた端末で作業((sudo make libem64tとすると、「ifort: コマンドが見つかりませんでした」と怒られる。そのため、スーパーユーザー用の端末を開き、パスを通してから作業。sudoで端末を開くのは、ちょっとお行儀悪いかも。sudoに環境変数を引き継ぐやり方もありそう…))。
-<code>
-# . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64
-# make libem64t
-# exit
-</code>
-==== サンプルコード　====
-コードのサンプルは /opt/intel/mkl/10.1.0.015/examples/lapack95/source/ にあり。ここではgesv.f90を参考にしながら説明。
-=== コンパイルオプション(intel64) ===
-(2010.06.22追記）最近のver.はライブラリの場所が変わったようだ．（というか今まで間違ったファイルを使ってだけかも...．）
-Fortran90でLapack95使ったときのコンパイルコマンド．file.f90のところは適当に修正して下さい．
-<code bash>
-ifort file.f90 -L/opt/intel/Compiler/11.1/069/mkl/lib/em64t/ -I /opt/intel/Compiler/11.1/069/mkl/include/em64t/lp64/ -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread -O2
-</code>
-以下，古い情報
-<code bash>
-$ ifort /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/source/gesv.f90 -L/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/lib/em64t/ -I /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/lib/em64t -lmkl_lapack95 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread
-$ ./a.out < /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/data/gesv.d
-</code>
-=== コンパイルオプション(ia32) ===
-<code bash>
-ifort /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/source/gesv.f90 -L/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/lib/32  -I /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/lib/32/ -lmkl_lapack95 -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread
-$ ./a.out < /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/lapack95/data/gesv.d
-</code>
-=== 使い方 ===
-/opt/intel/mkl/10.1.0.015/examples/lapack95/source/gesv.f90 の最初
-<code fortran>
-      USE MKL95_PRECISION, ONLY: WP => SP
-      USE MKL95_LAPACK, ONLY: GESV
-</code>
-  * 単精度はSP、倍精度はDPを使用する。
-  * 呼び出すサブルーチン名をONLYの後に書く。
-/opt/intel/mkl/10.1.0.015/examples/lapack95/source/gesv.f90 の中頃
-<code fortran>
-      CALL GESV(  A, B )
-</code>
-<code fortran>
-      CALL GESV(  AA, BB(:,1), IPIV, INFO )
-</code>
-   * 引数の数が違うのはfortran90のoptional属性によるもの。
-  * LIBRARY_PATHやINCLUDEの環境変数を追加するか，libやmodを適切な位置に動かすのが良いかも．（makeほげほげで設定できないのかしら．未確認．FIXME）
-===== blas95 =====
-  * マトベク演算やらをしてくれるパッケージ。
-  * matmulよりも高速。（多分)
-  * 自分でmakeする必要あり。
-==== ライブラリの作成 ====
-  * libem64t, intel64の部分は環境に応じて適当に。オプションも適当に。デフォルトで十分そうなので、オプションはなくても良さそう。
-  * ライブラリの作成方法はlapack95と同じ。
-<code>
-$ cd /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/interfaces/blas95
-$ sudo gnome-terminal
-</code>
-<code>
-# . /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.sh intel64
-# make libem64t
-# exit
-</code>
-==== サンプルコード　====
-=== コンパイルオプション ===
-コードのサンプルは /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas95/source/ にあり。ここでは dgemmx.f90を参考にしながら説明。
-<code>
-$ ifort /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/include/mkl_blas.f90  /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas95/source/dgemmx.f90   /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas95/source/common_func.f -lmkl_blas95 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
-$ ./a.out < /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas/data/dgemmx.d
-</code>
-  * /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/include/mkl_blas.f90 はインターフェース
-  * /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas95/source/dgemmx.f90 がメインプログラム
-  * /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas95/source/common_func.f はdgemmxが使用している副プログラム（サブルーチン）
-=== コード ===
-/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/blas95/source/dgemmx.f90 のはじめのあたり。
-<code fortran>
-      use mkl95_precision, only: wp => dp
-      use mkl95_blas, only: gemm
-</code>
-  * lapack95と同様にspで単精度、dpで倍精度。
-  * gemmは呼び出すルーチン名
-===== sparse_blas95 =====
-===== pardiso/MKL =====
-  * [[http://www.pardiso-project.org]]
-  * 疎行列で解く。
-  * 直接法で解く。-> 条件数の大きい問題に使える。
-  * [[http://dx.doi.org/10.1016/S0167-739X(00)00076-5|理論については論文を参照]]\\
-==== コンパイルオプション ====
-  * 77でも90でもコンパイル方法は同じ。（ファイルの拡張子が異なるだけ）
-  * includeする場合はパスの設定が必要．（ifortvars.*shを読み込んでいる場合は，設定済み)
-=== intel64の場合 ===
-<code>
-$ ifort hoge.f90 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core   -liomp5 -lpthread
-</code>
-===  ia32の場合 ===
-<code>
-$ ifort hoge.f90 -lmkl_solver -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread
-</code>
-=== コメント ===
-  * mkl_pardiso.f90をincludeせずに，mkl_pardiso.f90と一緒にコンパイルするやり方もあり。
-<code>
-$ifort pardiso.f90 /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/include/mkl_pardiso.f90 -lmkl_solver -lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread
-</code>
-==== サンプル　コード ====
-f77のコードは /opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/examples/solver/source/ 内にあり。
-=== fortran90 ===
-<code fortran>
-include 'mkl_pardiso.f90'
-program pardiso_test
-  use MKL_PARDISO
-  implicit none
-  real(8),allocatable::a(:),b(:),x(:)
-  integer::maxfct=1,mnum=1,mtype,phase=13,n,nzero,nrhs=1,iparm(64),msglvl=0,error
-  type(mkl_pardiso_handle) :: pt(64)
-  integer i,j
-  integer,allocatable::ia(:),ja(:),perm(:)
-!!! this matrix is quoted by slatec document...
-!       |11 12  0  0 15|   A: 11 12 15 | 21 22 | 33 35 | 44 | 51 53 55
-!       |21 22  0  0  0|  IA:  1       |  4    |  6    |  8 |  9       | 12
-!       | 0  0 33  0 35|  JA:  1  2  5 |  1  2 |  3  5 |  4 |  1  3  5
-!       | 0  0  0 44  0|
-!       |51  0 53  0 55|
-!!! set parameter of pardiso
-  pt(:)=mkl_pardiso_handle(0)
-  iparm(1)=0
-  mtype=11
-!!! assign values to variables
-  n=5
-  nzero=11
-  allocate(a(nzero),b(n),x(n),ia(n+1),ja(nzero),perm(n))
-  ia(:)=(/1,4,6,8,9,12/)
-  a(:)=(/11.d0,12.d0,15.d0,21.d0,22.d0,33.d0,35.d0,44.d0,51.d0,53.d0,55.d0/)
-  ja(:)=(/1,2,5,1,2,3,5,4,1,3,5/)
-!!! calculate b when x=(/1.d0,2.d0,3.d0,4.d0,5.d0/)
-  b(:)=0.d0
-  do i=1,5
-     do j=ia(i),ia(i+1)-1
-        b(i)=b(i)+a(j)*ja(j)
-     end do
-  end do
-!!! solve linear equation by pardiso
-  call pardiso(pt,maxfct,mnum,mtype,phase,n,a,ia,ja,perm,nrhs,iparm,msglvl,b,x,error)
-  if(error /= 0) then
-     write(*,*) error
-     stop
-  end if
-  write(*,*) x
-end program pardiso_test
-</code>
-=== fortran77 ===
-fortran90のサンプルを書き換え。
-<code fortran>
-      program pardiso_test
-      implicit none
-      integer lzero,l
-      parameter (lzero=11,l=5)
-      real*8 a(lzero),b(l),x(l)
-      integer maxfct,mnum,mtype,phase,n,nzero,nrhs,iparm(64),
-     $     msglvl,error,pt(64),ia(l+1),ja(lzero),perm(l),i,j
-      data ia /1,4,6,8,9,12/
-      data ja /1,2,5,1,2,3,5,4,1,3,5/
-      data a /11.d0,12.d0,15.d0,21.d0,22.d0,33.d0,35.d0,
-     $     44.d0,51.d0,53.d0,55.d0/
-ccc   this matrix is quoted by slatec document...
-c     |11 12  0  0 15|   A: 11 12 15 | 21 22 | 33 35 | 44 | 51 53 55
-c     |21 22  0  0  0|  IA:  1       |  4    |  6    |  8 |  9       | 12
-c     | 0  0 33  0 35|  JA:  1  2  5 |  1  2 |  3  5 |  4 |  1  3  5
-c     | 0  0  0 44  0|
-c     |51  0 53  0 55|
-ccc   set parameter of pardiso
-      do i=1,64
-         pt(i)=0
-      end do
-      iparm(1)=0
-      mtype=11
-      maxfct=1
-      mnum=1
-      phase=13
-      nrhs=1
-      msglvl=0
-ccc   assign values to variables
-      n=5
-      nzero=11
-ccc   calculate b when x=(/1.d0,2.d0,3.d0,4.d0,5.d0/)
-      b(:)=0.d0
-      do i=1,5
-         do j=ia(i),ia(i+1)-1
-            b(i)=b(i)+a(j)*ja(j)
-         end do
-      end do
-ccc   solve linear equation by pardiso
-      call pardiso(pt,maxfct,mnum,mtype,phase,n,a,ia,ja,perm,nrhs,
-     $     iparm,msglvl,b,x,error)
-      if(error /= 0) then
-         write(*,*) error
-         stop
-      end if
-      write(*,*) x
-      end program
-</code>
-===== fgmres =====
-前処理を効率的に行えるようGMRESを改良したもの。前処理に反復解法が使える。
-FIXME