misc [Applied Mechanics Lab. WIKI]

この文書は読取専用です。文書のソースを閲覧することは可能ですが、変更はできません。もし変更したい場合は管理者に連絡してください。
メモ
====== screen ======
===== スクロールバック =====
screenを使っていてスクロールバックしたければ、モッドキー+ESCののち、viと同じ操作で動ける。ただし、スクロールバッファが非常に小さいので，.screenrcに以下を書いておくと幸せ。
<code>
defscrollback 4000
</code>


====== OpenFOAM ======
インストール
[[http://www.openfoam.com/download/ubuntu.php]]

インストール後，.bashrcに以下を記述．
<code>
. /opt/openfoam171/etc/bashrc
</code>

ただ，mpich2をインストールしていると， . /opt/openfoam171/etc/bashrc が
mpich2のライブラリと当たるらしく，
<code bash>
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.4.3/../../../../lib/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status
</code>
というエラーが出る．
問題はないかもしれないが，ターミナルを開く度にこのエラーがでる．
改善策は分からない．

====== mpich2 ======
mpiを1台のパソコンで動かす．テスト環境作成のため．

gccがあれば，特に何もしなくても動く模様．素敵．

拾ってきたソースコード
<code c>
#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
int main (argc, argv)
     int argc;
     char *argv[];
{
  int rank, size, 
  MPI_Init (&argc, &argv);	/* starts MPI */
  MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &rank);	/* get current process id */
  MPI_Comm_size (MPI_COMM_WORLD, &size);	/* get number of processes */
  printf( "Hello world from process %d of %d\n", rank, size );
  MPI_Finalize();
  return 0;
}
</code>

コンパイル，実行．
<code bash>
mpicc test.c
mpirun -n 5 ./a.out
</code>
出力結果
<code>
Process 3 on marcie out of 5
Process 4 on marcie out of 5
Process 1 on marcie out of 5
Process 2 on marcie out of 5
Process 0 on marcie out of 5
</code>

====== Vim ======
 VimReferenceCard.pdf なるものが便利
[[http://insenvim.sourceforge.net/]]
====== Parted Magic ======
  * パーティションを切るためのLiveCD
  * 死んだHDDのサルベージにも使える。

===== 死んだHDDのサルベージ =====
  * ddrescueでHDDのコピー。
      * 死んだHDDをそのままいじってたら、変更が加わって後戻りできなくなるかもしれない。そのため、いじるようHDDを複製する。
     * このときコピー先のHDDは死んだHDDより大きなサイズがよい。1.5倍程度あれば良いらしい。（ただし、同じサイズのHDDでも問題無く動作した。）
     * /dev/sdaを/dev/sdbにコピー
<code bash>
ddrescue /dev/sda /dev/sdb
</code>
  * testdiskで中身をチェック。パーティションが見えなくなってるだけであれば、パーティションを切り直す。
    * 詳しい使い方は[[http://lets-go.hp.infoseek.co.jp/testdisk1.html]]が分かりやすい。
====== ubuntu live cd ======

usb-creater-gtk を使うとusbにubuntuを入れることができる。

CDやDVDからのインストール中に何をやっても下記のようなエラーメッセージが出るときは、usbからインストールするのもの一つの手。

<code>
多くの場合、CD/DVDかドライブ、もしくはハードディスクの問題です。CD/DVDのホコリを取り除く、CD/DVDを低速で焼き直す、CD/DVD ドライブのレンズを掃除する（電気店に行けば、ドライブレンズの掃除キットが販売されています）、ハードディスクが古く置き換える必要があるかどうかを確認する、より低温の環境に移動して動作させる、などを実行するとと解決するかもしれません。
</code>
===== HDDの消去 =====
ライブCD起動後、ターミナルで
<code bash>
sudo fdisk -l
</code>
を実行。でてきたデバイスをshredの引数として指定。
<code>
sudo shred -v -n3 -z /dev/hoge
</code>
  * デバイスが複数ある場合はスペース区切りで続けて書く。
  * -v：よくしゃべるモード
  * -n?：?回ランダムな書き込みをする
  * -z：最後に全ての領域に0を書き込む。


====== geomview ======

geomview -start Animator -p -s 70 -f "wave*.off" --
====== plplot ======

サンプルコードとセット
[[http://plplot.sourceforge.net/examples.php]]

<code bash>
gfortran-4.3 -I/usr/lib/fortran/modules/plplot/  ex18.f90 /usr/lib/libplplotf95cd.so.9 /usr/lib/libplplotf95d.so.9
</code>
====== fluxbox ======
===== sshd =====
<code bash>
sudo /etc/init.d/ssh start
</code>

===== 日本語の表示 =====
何もしなくても大丈夫．
ただ，スタイルによっては文字化けする．

http://d.hatena.ne.jp/androidzaurus/20091005/1254713484


===== 英語キーボードに変更 =====
コンソールそのものを変更するのが良いかも。
/etc/default/console-setup を編集。
<code>
XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="us"
</code>
===== 音を消す =====

/etc/modprobe.d/blacklistに
<code>blacklist pcspkr</code>
を書けばよい。

~/.fluxbox/startupに
<code>xset -b</code>
でもよいとのこと。



====== gmsh ======
  * フリーのメッシュジェネレータ。
  * FEMのプリプロセッサとして使える。
  * [[http://geuz.org/gmsh/]]
  * solveというコマンドから推察するに、外部プログラムを組み込むことも可能FIXME
  * post processingも可能。
  * わかりやすいムービー[[http://geuz.org/gmsh/screencasts/]]

===== 用語 =====
|パラメータ|数量を変数で置き換えて表現する。|
|ポイント|幾何学的な情報を入力する際に使う点。節点（ノード）ではない。ポイントとポイントを結合してラインを作ったり、ポイントを弧の中心としたりする。|
|節点（ノード）|要素の頂点となる点。有限要素法では未知数はノードにある（すべてノード上という訳ではない）。|

===== 使い方 =====
<code>
$ gmsh
</code>
で起動。

gmshには
  * geometory
  * mesh
  * solver
  * post-processing
という4つのフェイズに分かれている。
メッシュ生成に必要なのはgeometoryとmesh。

^  Geometry   ^^^^
|Elementary entities|Add|New|Parameter|
| | | |Point|ポイントを指定。|
| | | |Straight line| |
| | | |Spline| |
| | | |B-Spline| |
| | | |Circle arc| |
| | | |Ellipse arc| |
| | | |Plane surface| |
| | | |Ruled Surface| |
| | | |Volume|
| |Delete|Point|
| | |Line|
| | |Surface|
| | |Volume|
|Physical groups|Add|Point|
| | |Line|
| | |Surface|
| | |Volume|
|Edit|
|Reload|
^Mesh^

===== geometory =====
  *elementray entities
  * physical group
  * edit
  * reload
からなる。
  * elementary entitiesは点、線、面を作るためのもの
  * physical groupは境界条件や物性値を与えるため、線や面に番号付けを行う。
  * editはエディタを立ち上げて、コマンドとして入力する
  * reloadは編集したファイルをリロードする。

==== elementary entities ====
  * add
基本的にはaddを使って点、線、面を作成する。
点は座標を決めて入力
線は2つの点をマウスで選択して結ぶ
線を閉じるように指定する。線分のみで作成する場合3つ以上の線が必要。

==== physical group ====
  * 点、線、面に物理的意味を持たせる。
  * 線要素をグループ化=>境界条件の設定、面要素をグループ化=>材料物性値の設定などのように使う。
  * 境界条件や材料物性値の設定はgmshではなく外部プログラム(Fortran)などを用いる。
  * 面要素のグループ化は「ローカル要素の節点番号=>グローバルな節点番号」の割り付けとして使える。
そのため、面要素に関しては、もれなく、重複無く選ぶと良い。
  * 同時に複数のものを指定すると同じグループに設定される。
  * グループの番号(physical number)はeditを使用して後から編集するのが良いであろう。
=== physical number ===
個人的なphysical numberのルールとして以下を採用。
  * 線要素に対して
    * 無し：いずれの方向にも自由
    * 1：x方向を固定
    * 2：y方向を固定
    * 3：z方向を固定（二次元では意味無し）
    *4〜9：その他（応力境界や強制変位など）
  * 面要素に対して
    *10〜:領域全体の要素

===== mesh =====
  * Define
  * 2D
  * 3D
四角形要素を作りたい場合、Defineを活用する。
三角形要素を作成するなら2D、四面体要素を作成するなら3Dを選択。
要素作成はコマンドラインで
<code>
$ gmsh -2 hoge.msh
</code>
としても良い。

==== Define ====
  * Recombine
  * Transfinite
Recombineは三角形要素を4角形要素に結合する。
Transfiniteは分割数を決める

=== Tranfinite ===
4角形要素の作り方。
4つの線で囲まれるSurfaceを格子状に切る場合。
  - Lineで分割数を選択。両端の点を含む分割する点の数を決める。つまり、（ここで決めた数-1）個に等分される。を決める向かいあった線同士は同じ分割数にする。
  - Surfaceで4つの線に囲まれたsurfaceを指定。

===== geoファイルについて =====
geoファイルの例は

にある。
グラフィカルに作成しつつ、たまにGeometory=>Editを選択して、geoファイルをチェックするとコマンドを覚えやすい。physical numberなどを、Editで適当に変更すると境界条件を与えるときに便利かも。
===== mshファイルについて =====

mshファイルの例
<code>
$MeshFormat
2 0 8
$EndMeshFormat
$Nodes
126 ！節点の数
1 0 -10 0　！節点番号、xyz座標
...
$EndNodes
$Elements
190　！要素の数
1 1 3 1 1 0 3 10 ！エレメント番号、要素タイプ、タグの数、タグ、節点リスト
...
$EndElements
</code>

==== 要素タイプ ====
^ 番号 ^  要素タイプ  ^
|  1  |2-node line|
|  2  |3-node triangle|
|  3  |4-node quadrangle|
2次元FEMの場合、要素タイプ１に対して境界条件、2,3に対して物性値の設定を行うと良い。
FEMで用いる場合、2，3の要素の数が要素数となる。
（gmshの要素数とFEMの要素数は異なる。）

==== タグ ====
タグの数は基本的には3つ。
タグの1つめがphysical number。
physical numberに応じて条件を付ける。
この条件付けは、if文で行う。



====== 誤植 ======


===== 高性能有限要素法 (計算力学レクチャーシリーズ) (単行本) =====
  *山田 貴博 (著), 日本計算工学会 (編集)
  * 出版社: 丸善 (2007/01)
  * ISBN-10: 4621078100
  * ISBN-13: 978-4621078105
  * 発売日： 2007/01

|場所|  誤  |  正  |
|p.53 (2.50)式 |　<code latex>\boldsymbol{g}_a=\dfrac{\partial\boldsymbol{x}}{\partial\xi^a} </code>|<code latex> \boldsymbol{g}_p=\dfrac{\partial \boldsymbol{x}}{\partial\xi^p} </code>|

====== Ajaxplorerのインストール ======

  * アップローダ。パスワード付き。[[http://www.ajaxplorer.info/]]
  * Ajaxplorer2.4から何もしなくても日本語対応。
  * 文字数をconf.phpで変更するべし。
  * ディレクトリ名は日本語を使わない方が良いかもFIXME。

===== server/conf/conf.phpの変更 =====

  * デフォルトで$max_caracteres=50となっているので、これを200以上にしておきたいところ。$max_caracteres：ファイルやディレクトリにつけるファイル名の最大文字数。4byte x 50という意味？FIXME
  * パスワードはウェブ上で変更可能。


[[http://www.ajaxplorer.info/documentation/chapter-2-basics/]]
<code>
2.4 Required Settings

    * $dft_langue=”en“: Set the default language to be used (modify bold portion).
    * define(”ADMIN_PASSWORD”, “admin“): Set the administrator password which is granted most permissions (access) on your file server (modify bold portion).

2.5 Optional Settings

    * ENABLE_USERS: Toggle user accounts on/off.
    * ALLOW_GUEST_BROWSING: Toggle whether guests (unauthenticated users) can browse your files.
    * AUTH_MODE: Specify the method of authentication to be used by the server for user accounts [default=ajaxplorer].
    * AUTH_MODE_REMOTE_XXXXX: Specific settings for a remote server (optional).
    * $max_caracteres: Maximum number of characters for file/directory names [default=50].
    * $upload_max_number: Maximum number of files allowed to be uploaded at once [default=6].
    * $use_https: Change value to â€œtrueâ€ if using an HTTPS (SSL) domain.
</code>